脱氨作用肝脏可将大部分蛋白质代谢过程产生的对人体有毒的氨合成为尿素，经肾脏排出，一小部分再重新合成氨基酸。血中氨增多是肝性昏迷的主要原因之一。
转氨作用肝脏有将一种氨基酸转化为另一种氨基酸的作用。肝脏的转氨作用主要是靠肝内的转氨酶来完成的。正常情况下，肝细胞内存有多量转氨酶，当肝细胞坏死或有其它损害时，肝细胞里的转氨酶即被释放入血液中。临床上利用这种现象测定血中转氨酶的浓度，即谷丙转氨酶（alt）和谷草转氨酶（ast），以间接推测肝细胞的损害程度。
脂肪在正常情况下，人类体脂的各种成分是恒定的。其比例由肝脏维持，肝脏可以利用葡萄糖合成脂肪酸，以保持体内各种成分的恒定。肝脏里脂肪含量约占3%~5%，肝病性脂肪浸润时，这种比例就遭到破坏，形成脂肪肝。人体内的胆固醇，除了从食物中吸收一部分外，大部分在肝内合成。肝脏也是贮存胆固醇的场所。
维生素a人体95%以上的维生素a都贮存于肝内。维生素a原在肝内经胡萝卜素酶的作用转化成维生素a。当肝脏有明显损害时，即使吸收足够的维生素a原，也不易转化成维生素a，同时，肝内贮存量亦显著减少。维生素b族糖类的分解主要是在肝内进行的，这一过程需要维生素b1作为促酶参与，如不足就会妨碍糖类的分解。维生素b12主要贮存于肝内，对肝细胞的代谢有重要作用，并能刺激肝细胞的再生。
