牛奶过敏
牛奶是一种异性蛋白，其中一种乳球蛋白会损害小肠黏膜，是主要的过敏原。有些小宝宝对致敏的牛奶蛋白清除及处理功能较差，就会发生腹泻和腹痛。此时不停牛奶，腹泻就迁延不愈。
对策从宝宝的食物中去除牛奶。由于羊奶和马奶也有交叉过敏反应，所以也不宜服用。如无母奶，可用豆奶、肉汤和酪蛋白水解物代替牛奶。也可改用代乳粉喂养，同时加辅食品，如蛋黄泥、菜泥、胡萝卜汁等，以后逐渐增加固体食品即可。对牛奶过敏也会随着年龄增大而减少，一般到了2岁后牛奶过敏巳很少见。在宝宝6个月后可给予少许牛奶以了解是否过敏，若无过敏症状可逐渐增加牛奶量。
菌群失调
当宝宝患了严重的感染性疾病或手术后抵抗力明显下降，若在此时应用大量广谱抗菌素或皮质激素治疗，使免疫功能低下，对抗菌素敏感的肠道内正常细菌受到抑制，而不敏感的致病菌就会大量繁殖引起长久的腹泻。
对策停用所有的抗菌素及皮质激素，然后补充肠道正常菌种，以恢复肠道内微生态平衡，使正常菌种占据绝对优势。常用的有双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等。
