咽食管憩室的临床表现早期仅有一小部分粘膜突出的憩室，开口较大，且与咽食管腔直角相通，食物不易残留，可以没有症状或症状稍微，只偶然在食物粘在憩室壁上是圾喉部发痒的刺激症状，当咳嗽或饮水食物残渣脱落后，症状消失。
假如憩室逐渐增大，积存的食物和分泌物开始增多，有时会自动返流到口腔内，偶然造成误吸。在此期间，患者可听见在咽部有由于空气、食物进出憩室而发现响声。
由于食物的积存，憩室会继续增大、并逐渐下坠，不利于憩室内积存物的排出，致使憩室的开口正对咽下方，咽下的食物均先进入憩室而发生返流，此时出现吞咽困难，并呈进行性加重，部分患者还有口臭、恶心、食欲不振等症状。有的因进食困难而营养不良和体重下降。
如有误吸还会有肺炎、肺不张或肺脓肿等合并症。出血、穿孔折合并症较少见。
膈上憩室的临床表现多数小膈上憩室患者可以没有任何症状或症状稍微，圈套并伴有运动功能失调的憩室可以有不同的症状，如轻度消化不良、胸骨后疼痛、上腹部不适和疼痛、口臭、反胃、胸内常有咕咕响声等，巨大膈上憩室压迫食管可以引起吞咽困难，返流引起误吸。
