首先，新生儿及小婴儿因消化系统发育未成熟，是其容易发生感染性腹泻的内因。新生儿的肠道是身长的8倍，婴幼儿为身长的6倍（成人才为4.5倍）。新生儿和婴幼儿的肠壁薄、小肠粘膜富含血管，小肠吸收力强，通透性高，因此容易造成细菌和病毒等一些有害物质或微生物从肠道直接进入到血液中，同时也使得肠道一些微生物滞留或排泄延迟。另外其小肠壁绒毛短小，需要核苷酸促进其生长，健全阻止细菌、病毒等致病微生物侵入。还有新生儿出生时肠道无细菌，出生后随着奶类食物的进入排泄，从口腔和肛门大量细菌迅速进入，在肠道建立起微生态平衡，保护肠道的健康，但是菌群也受食物成分影响，像母乳中因为含有双歧因子能够促进双歧因子形成，所以母乳喂养的宝宝双歧杆菌占优势，可抑制大肠杆菌生长，而且母乳中的蛋白质只要以α-乳清蛋白为主（约占29%），它可以促进双歧因子生成，起到益生元的作用。人工喂养的宝宝不但缺乏母乳中的提高肠道抵抗力的分泌型iga抗体，而且也缺乏促进益生菌生长的益生元，一般的配方奶粉中α-乳清蛋白只占蛋白质的6%，因此较之母乳起到益生元的作用就差多了。因此这也是人工喂养的宝宝轮状病毒肠炎较之母乳喂养的宝宝发病率高的缘故。
其二，轮状病毒广泛存在于自然界，传染性很强。病人和隐性带菌者为传染源，可以引起散发或暴发流行。轮状病毒肠炎主要是通过消化道传播、密切接触、呼吸道传播，是造成婴幼儿易患肠道病毒感染的外因。因为婴幼儿是需要抚养人贴身照顾，几乎所有的人都感染过轮状病毒，但是因为成人已经产生了抗体，所以一些成年人感染后并不发病，但她可能是一名带毒者，所以通过不清洁的护理，例如给孩子冲奶时不洗手。外出回来不换外衣直接给孩子喂奶。孩子所用饮食餐具没有很好的进行消毒，都可能是引发轮状病毒肠炎。另外喜欢带孩子去公共场所去玩，也是造成孩子容易感染的原因。
